Shao Kahn heeft gewonnen. Het Aardrijk bestaat niet meer. Om zijn koningin Sindel te doen herstellen, gebruikte keizer Shao Kahn het Outworld Tournament uit Mortal Kombat 2 als afleiding terwijl zijn Schaduwpriesters zijn gevallen koningin op aarde weer tot leven brachten. Eenmaal uitgevoerd wordt de dimensionale brug tussen de twee rijken verbonden, waardoor Kahns uitroeiingsteams de aarde kunnen binnenvallen en vernietigen, en de zielen van de bevolking tot slaaf maken.
Een klein team van Raidens “Chosen Warriors” overleeft de aanval: Mortal Kombat-kampioen Liu Kang en zijn bondgenoot Kung Lao, Special Forces-agenten Sonya Blade en Jax, de sjamaan Nightwolf, de oproeragent Stryker, de nomadische Kabal en voormalig Lin Kuei-krijger Sub-Zero, die uit zijn clan is gevlucht. Tegenover de krijgers staan de huurling Kano, cyber-ninja’s Smoke, Sektor en Cyrax, Sheeva, een vrouwelijke Shokan, de tovenaar Shang Tsung en koningin Sindel zelf.
Mortal Kombat 3 brengt nieuwe elementen naar de 2D-vechtserie: speelvelden met meerdere levels, “Dial-A-Combo”-aanvallen, een “Run”-knop om de gevechten te versnellen, en “Vs.”-codes, waarmee nieuwe krachten en vaardigheden worden vrijgespeeld zodra beide spelers een codesequentie invoeren in de pre-match-upschermen. Ook zijn er meer stage-fatalities en afmaakbewegingen inbegrepen, terwijl elke krijger één-op-één probeert te vechten tegen de Centaurische handhaver Motaro en Shao Kahn zelf.
Mortal Kombat 3 is het laatste traditionele één-op-één vechtspel in de serie met motion-captured gedigitaliseerde graphics voor zijn strijders, en introduceert online netwerkspel in de pc-versie.



