Choplifter III voor de SNES bevat totaal andere levels dan de Game Gear- en GameBoy-versies, en speelt iets anders dan andere Choplifter-games. Hoewel de besturing en de basisgameplay niet significant zijn veranderd en het hoofddoel van elk level nog steeds het redden van een bepaald aantal gijzelaars is, is Choplifter III sneller en actiegerichter dan eerdere Choplifter-games.
Vijanden verschijnen nu in grotere verscheidenheid en aantallen. Ze verschijnen vaker terug en sommige levels bevatten gevechten tegen grote bazen. Om dit te compenseren zijn er meer power-ups beschikbaar (zoals raketten, bommen, onzichtbaarheid, enz.) en is het mogelijk om de helikopter op bepaalde momenten in een level te laten repareren.



