Nadat hij aan het verzoek van prinses Zelda heeft voldaan en het land Hyrule van groot gevaar heeft gered, vertrekt Link te paard Epona. In het Verloren Woud wordt hij overvallen door Skull Kid, een imp die een mysterieus masker draagt, vergezeld door de feeën Tael en Tatl. Skull Kid verandert Link in een klein plantachtig wezen, bekend als een Deku Scrub, en neemt zijn paard en zijn magische ocarina mee. Kort daarna voegt Tatl zich bij Link en stemt ermee in hem te helpen terug te keren naar zijn oorspronkelijke vorm. Een ontmoeting met een rondzwervende maskerverkoper onthult dat de Skull Kid Majora’s Mask draagt, een oud voorwerp dat wordt gebruikt bij vloekrituelen, dat een dreigende maan oproept die boven het land Termina zweeft. Link heeft precies drie dagen om een manier te vinden om dit te voorkomen.
Majora’s Mask is een direct vervolg op Ocarina of Time. Het gebruikt dezelfde engine en visuele stijl, evenals een vrijwel identieke interface. Het spel behoudt de traditionele elementen van Zelda-spellen (kerkerverkenning, zwaardvechten, bogen, bommen, hartcontainers, enz.) evenals die van de directe voorganger, zoals actief blokkeren met een schild, diverse werpvoorwerpen en het gebruik van melodieën die op de ocarina worden gespeeld om puzzels op te lossen. In vergelijking met eerdere Zelda-spellen richt deze editie zich meer op interactie met NPC’s en biedt het een grotere variatie aan items, optionele quests en minigames.
Ook uniek aan deze titel is het tijdsysteem. Het spel heeft een interne klok, waarvan één uur ongeveer overeenkomt met één echte minuut. Als de speler niet alle doelstellingen binnen drie in-game dagen heeft voltooid, valt de maan op Termina, vernietigt iedereen en eindigt het spel. De speler kan echter op elk moment terugkeren naar de eerste dag door een nummer op de ocarina te spelen, waarbij alle quest-gerelateerde voortgang en inventaris worden opgeslagen, maar andere items zoals munitie of geld verloren gaan (tenzij ze in een bank worden opgeslagen). Het is ook mogelijk om melodieën te leren die de tijdsdoorloop aanzienlijk vertragen of de klok direct naar de volgende dag verplaatsen. Sommige evenementen vinden alleen op specifieke tijden plaats, en veel personages volgen hun eigen schema gedurende de drie dagen. Uilenbeelden verspreid over het land bieden snel-opslagpunten en dienen als teleporters tussen gebieden wanneer ze worden ontdekt.
Het verzamelen en gebruiken van maskers speelt een belangrijke rol in het spel. De meeste van de vierentwintig maskers die in het spel te vinden zijn, zijn optioneel en dienen meestal om zijmissies op te lossen of Links vaardigheden te verbeteren, waardoor hij bijvoorbeeld sneller kan rennen of onzichtbaar kan worden. Transformatiemaskers kunnen worden gebruikt om Link te veranderen in een Deku Scrub, een Goron of een Zora. Elk van deze vormen heeft toegang tot unieke vaardigheden, waarvan vele essentieel zijn voor het voltooien van het spel. Onder andere vaardigheden kan Deku Link bellen uit zijn mond schieten en tussen bloemen zweven; Goron Link kan zware schakelaars bedienen en door lava lopen zonder schade op te lopen, en zware schakelaars belasten; Zora Link kan snel zwemmen en krachtvelden genereren.































