De sprookjesachtergrond van Banjo-Kazooie doet denken aan die van Sneeuwwitje. Een knoestige, lelijke heks genaamd Gruntilda vraagt haar magische ketel wie de mooiste van allemaal is. Natuurlijk bevalt het antwoord van de pot de heks niet: hij kiest Banjo’s zus, Tooty. Wanneer Tooty vermist blijkt te zijn, gaan Banjo en zijn vogeltje Kazooie op zoek naar haar.
De werelden in Banjo-Kazooie zijn uitgestrekt en bevatten een verscheidenheid aan items om te verzamelen. Muzikale notities, puzzelstukjes (“jiggies”), mumbo-tokens en Jinjoes zijn slechts enkele van de swag die Banjo in zijn rugzak moet stoppen om zijn avontuur te voltooien. Sommige benodigde voorwerpen liggen gewoon buiten de gebaande paden, terwijl andere puzzelvaardigheden vereisen om terug te komen.





























