Op zoek naar wraak op Wario nadat hij hun schat had gestolen in Wario Land: Super Mario Land 3, sluipen speciale agenten van de Black Sugar Gang van Kitchen Island Wario’s nieuw gebouwde kasteel binnen, stelen de schat terug en laten het kasteel en de omgeving in een puinhoop achter. Als Wario moet je de plek opruimen en terugnemen wat je nu van jezelf noemt.
In een verandering ten opzichte van het oorspronkelijke Wario Land is Wario nu tot op zekere hoogte onsterfelijk. In plaats van te sterven wanneer hij door een vijand wordt geraakt, verliest Wario de munten die hij tijdens zijn reizen in elk level heeft verzameld. En hij kan ook veranderen in andere Warios. Als hij bijvoorbeeld door een bij wordt geraakt, blaast Wario op tot een gigantische luchtbal en zweeft naar de top van het level. Alleen wanneer hij door een scherp voorwerp wordt geraakt, keert hij terug naar normaal. Er zijn andere types, zoals Fire Wario en Zombie Wario, en elk kan zijn voordelen hebben, zoals het bereiken van andere gebieden die anders onbereikbaar zijn, of ze kunnen je voortgang stoppen.



