De handheld-versie bevat hetzelfde verhaal als de consoleversies, maar vertelt het op een compleet andere manier met een zijwaarts scrollend perspectief, 22 verschillende doelstellingen en nieuwe locaties om te verkennen. Dezelfde stealth-manoeuvres kunnen ook in deze versie worden gebruikt: schaduwen gebruiken om je te verbergen, rondsluipen, menselijke schilden gebruiken, verdachten dwingen te praten en je zelfs achter objecten verschuilen.
Nachtzicht en thermisch zicht kunnen op elk moment worden gebruikt en bieden drie verschillende richtkijkers: Camera Shoot, Sniper en Laser Mic. Activiteiten zoals abseilen van daken en sloten kraken maken nog steeds deel uit van het spel, maar zijn uitgevoerd in de vorm van minigames.


