Enige tijd na Operatie Desert Strike dreigt Ibn Kilbaba, zoon van Kilbaba Sr., Amerika te vernietigen. Nadat zijn vader was gedood, stuurden de mensen onder zijn controle zijn zoon weg, samen met het geld en het kernwapenprogramma van zijn vader. Kilbaba, meedogenlozer dan zijn vader, verlangt naar wraak voor de dood van zijn vader en besluit het bloed te vergieten van degenen die hem hebben gedood, de Amerikanen. Al bewapend huurt Kilbaba Carlos Ortega in om hem te helpen zijn kernwapenprogramma op te zetten, diep in Zuid-Amerika. Carlos Ortega, ’s werelds beruchtste drugsbaas, verlangt ook naar wraak. Met zijn eigen privéleger, bewapend met de meest geavanceerde wapens, is hij bereid Amerika koste wat het kost te bestrijden.
Vanwege deze dreiging wordt de speler opnieuw ingehuurd om tegen deze twee personages te vechten, waarbij hij hun spoor volgt in de jungles van Zuid-Amerika. Gewapend met de Comanche, talloze andere voertuigen en vernietigende wapens, zullen ze hun privéleger moeten uitschakelen, de vijand opblazen met Hellfire-raketten, Hydra-raketten of kettinggeweren, mijnen op vijandelijke schepen afwerpen, of een drive-by uitvoeren met kanonnen aan de zijkant.



