Een van de uitvindingen van de Professor heeft per ongeluk een groot gat in het weefsel van ruimte en tijd getrokken, waardoor een portaal ontstond tussen de Rhynoc-landen en de Drakenrijken. Ripto maakt hier natuurlijk volledig gebruik van, want hij begint zijn legers rhynocs door het portaal te sturen om chaos te veroorzaken. Spyro moet op de een of andere manier een manier vinden om het portaal te sluiten voordat Ripto erin slaagt de Drakenrijken over te nemen.
Dit is Spyro’s derde optreden op de Game Boy Advance. Kenmerken omvatten nieuwe RPG-achtige elementen, nieuwe verbeterbare ademvaardigheden en drie speelbare personages (Spyro, Agent 9 the Space Monkey en Sgt. Byrd). Bonus multiplayer Sgt.Byrd-levels kunnen ook worden ontgrendeld.



