Na vele gevaarlijke avonturen keert de prins eindelijk terug naar Babylon, met zijn nieuwe bruid Kaileena, de Keizerin van de Tijd. Hun hoop op een vreedzame en gelukkige toekomst samen wordt echter de grond in gestoken hand wanneer ze in Perzië aankomen en aantreffen dat het land door oorlog is verwoest. Kaileena wordt prompt gevangen genomen en vermoord door de kwaadaardige Vizier, en haar dood ontketent de Zanden van de Tijd, waaruit de Vizier angstaanjagende nieuwe krachten krijgt.
Opnieuw moet de Prins van Perzië vechten, maar deze keer zal hij sterker zijn dan ooit, dankzij zijn nieuwe alter ego de Donkere Prins, geboren uit het contact van de Prins met het Zand. Terwijl hij vecht om zijn koninkrijk terug te winnen uit de handen van een gek, moet hij ook vechten tegen zijn eigen innerlijke demonen terwijl de Donkere Prins dreigt hem volledig te verteren.
Het spel lijkt sterk (qua gevechten en puzzelsequenties) op de eerdere delen van UbiSoft’s Prince of Persia-trilogie: The Sands of Time en Warrior Within. Er zijn enkele grote innovaties, zoals het personage van de Donkere Prins, die af en toe de hoofdrolspeler bezit en hem nieuwe combo’s en bewegingen biedt. Er is ook een nieuwe vaardigheid, genaamd “Speed Kill”, die zeer effectief is tegen alle tegenstanders in het spel (slachtoffers worden van achteren aangevallen en op brute en sluipende wijze vermoord).
In Prince of Persia: The Two Thrones verkent de speler niet alleen de straten van Babylon, maar ook het vervallen paleis van zijn vader, een tempel en de beroemde Hangende Tuinen.



