Jen is de vriendin van metalrocker Lewis, met wie ze samen moeilijke tijden heeft doorgemaakt. Na een concert valt een vreemd en krachtig wezen Lewis aan en neemt hem mee de nacht in, waarbij Jen gewond en bijna dood achterblijft.
Jen ontmoet een kleine waterspuwer genaamd Scree, die haar vertelt dat ze het fysieke vlak Mortalis moet verlaten en hem moet vergezellen naar het demonenvlak Oblivion. Het wezen dat Lewis ontvoerde en voor dood achterliet, is een agent van Abaddon, die Chaos vertegenwoordigt en al eeuwenlang in een strijd verwikkeld is met Arella, die Orde vertegenwoordigt. Het evenwicht tussen Chaos en Orde is verstoord en het is Jens taak om dit te herstellen, terwijl ze hoopt Lewis te vinden.
Primal kan worden omschreven als een “3D-platformgame”, met basisgameplaymechanieken die enigszins lijken op die van Tomb Raider-games. Puzzels oplossen en actievolle gevechten vormen de kern van de gameplay. De speler kan op elk moment wisselen tussen Jen en Scree; Jen kan vechten, maar Scree is immuun voor vijandelijke aanvallen. Wanneer Jen in de strijd buiten bewustzijn raakt, moet Scree haar binnen een bepaalde tijdslimiet weer tot leven wekken; als dit niet lukt, eindigt het spel voortijdig.
De gevechten zijn grotendeels gebaseerd op “finishing moves” en Jens vermogen om in demonische gedaanten te veranderen. Er zijn vier demonen waarmee Jen kan samensmelten; deze worden één voor één verkregen naarmate het verhaal vordert. Deze demonische gedaanten stellen Jen in staat speciale vaardigheden te gebruiken, zoals extreem hoog springen, onnatuurlijk snel zwemmen, de tijd vertragen en krachtige wapens hanteren.



