Pokémon Silver Version is een singleplayer rollenspel met turn-based gevechten en monsterverzamelelementen.
Het verhaal speelt zich drie jaar na de gebeurtenissen van Pokémon Red, Blue en Yellow: Special Pikachu Edition af. Spelers nemen de rol aan van een nieuwe Pokémon Trainer uit New Bark Town in de Johto-regio, een land dat verschilt van Kanto met eigen steden, routes en cultuur. Met begeleiding van Professor Elm ontvangt de Trainer zijn eerste Pokémon en begint hij aan een reis om Johto’s acht Gymleiders uit te dagen, de overblijfselen van het kwaadaardige Team Rocket te confronteren en uiteindelijk de Elite Four en Champion te confronteren om de titel van Pokémon League Kampioen te claimen.
De gameplay zet de kernloop voort van het verkennen van de bovenwereld, het bevechten van wilde Pokémon en het vangen ervan in Poké Balls om een gebalanceerd team samen te stellen. De gevechten zijn turn-based, waarbij elke Pokémon aanvallen gebruikt die worden beïnvloed door typevoordelen, nauwkeurigheid en statusvoorwaarden. Progressie houdt in dat je ervaringspunten verdient om Pokémon te levelen, ze nieuwe aanvallen leert en ze ontwikkelt tot sterkere vormen. Trainers moeten ook beperkte items beheren, zoals drankjes, revivs en statusgenezende medicijnen, gekocht met prijzengeld verdiend door andere Trainers te verslaan.
Pokémon Silver Version introduceert 100 nieuwe Pokémon, waarmee de Pokédex in totaal 251 soorten telt. Dit omvat nieuwe evolutionaire stadia voor bepaalde Pokémon uit de vorige generatie. Het spel introduceert ook twee nieuwe elementaire types, Donker en Staal, die ontworpen zijn om het gevechtssysteem in balans te brengen en Psychische en Normale strategieën tegen te gaan. Fokken is een andere belangrijke toevoeging: het plaatsen van twee compatibele Pokémon op de kinderopvang kan een Ei opleveren, dat uitkomt tot een baby-Pokémon nadat de speler een bepaald aantal stappen heeft afgelegd.
Verschillende nieuwe systemen verdiepen de gameplay. Een ingebouwde klok houdt tijd bij in echte uren en dagen, verandert welke Pokémon verschijnen, activeert tijdgebaseerde gebeurtenissen en introduceert dag- en nachtcycli. De PokéGear, een multifunctioneel apparaat dat de speler meedraagt, bevat een kaart, telefoon voor rematches en tips, en een radio die muziek en aankondigingen verzorgt. De Pokédex maakt nu sortering mogelijk op evolutionaire families, waardoor het makkelijker wordt om de voortgang bij te houden.
Buiten de Johto-regio krijgen spelers uiteindelijk toegang tot Kanto, de setting van de originele spellen, waardoor het verkennende gebied verdubbelt en gevechten met de Gymleiders van dat land mogelijk zijn. Multiplayerfunctionaliteit is beschikbaar via de Game Link Cable, waarmee gevechten en ruilen met andere spelers mogelijk zijn. Het voltooien van de Pokédex vereist vaak ruilen met eigenaren van Pokémon Gold Version of andere compatibele titels, aangezien bepaalde Pokémon exclusief zijn voor elke versie.



