Link is net zestien geworden en ontdekt een vreemd moedervlek op zijn hand. Met hulp van Impa, Zelda’s kindermeisje, ontdekt Link dat dit teken de sleutel is om een geheime kamer te openen waar prinses Zelda slaapt. Toen prinses Zelda jong was, kreeg ze kennis van de Triforce van kracht die werd gebruikt om het koninkrijk Hyrule te regeren, maar toen een magiër tevergeefs probeerde van Zelda over de Triforce te achterhalen, bracht hij haar in een eeuwige slaap. In zijn verdriet plaatste de prins Zelda in deze kamer in de hoop dat ze ooit wakker zou worden. Hij beval dat vanaf dat moment alle vrouwelijke kinderen in het koninklijk huis Zelda zouden heten, zodat de tragedie niet vergeten zou worden. Om prinses Zelda terug te brengen, moet Link alle stukken van de Triforce vinden die verspreid over het land zijn verstopt.
Elk stuk van de Triforce bevindt zich in een tempel die wordt bewaakt door een krachtig monster dat verslagen moet worden. Tegelijkertijd zijn Ganons ondergeschikten nog steeds aanwezig en worden ze sterker en aantalrijker. Er wordt gezegd dat Ganon weer tot leven kon worden gebracht door het bloed van degene die hem versloeg op de as te strooien – dat was Link zelf.
Zelda II: The Adventure of Link is een actie-rollenspel en een vervolg op The Legend Of Zelda. De gameplay wisselt af tussen een top-down view (tijdens het reizen door het land) en zijwaarts scrollende perspectieven (tijdens gevechten, in een tempel of stad). In het top-down overzicht kan Link niet veel anders doen dan lopen: in de zijwaarts scrollende actieweergave kan hij echter vechten, spreuken uitspreken, voorwerpen verzamelen en met mensen praten.
Wanneer Link een vijand tegenkomt in de wildernis, of een plek binnenkomt waar vijanden zijn, kan hij hen met zijn zwaard bevechten. Als Link volledig gezond is, kan zijn zwaard worden gegooid, maar als hij gewond is, kan hij alleen in melee vechten. Link heeft een schild dat hem beschermt tegen sommige aanvallen van vijanden als ze het schild raken. Een vijand aanraken of geraakt worden door hun aanvallen verlaagt Links gezondheid. Als hij zijn gezondheid verliest, verliest hij een leven. Als hij al zijn levens verliest, is het Game Over. Link kan zijn gezondheid volledig aanvullen door een fee in de wildernis tegen te komen, of door gebruik te maken van de diensten van een genezer in een stad.
Link heeft ook een “magie”-meter. Hij kan spreuken uitspreken (zolang hij ze geleerd heeft) als hij nog wat magische kracht heeft. Spreuken kosten een verschillende hoeveelheid magische kracht. Ze hebben verschillende effecten: ze genezen Link, laten hem heel hoog springen, vuurballen schieten, enzovoort. De magische krachtmeter kan worden bijgevuld door blauwe en rode potten te verzamelen die soms door vijanden zijn achtergelaten.
Wanneer Link een vijand verslaat, kan die een item achterlaten of Link wat ervaring geven. Wanneer Link genoeg ervaring opdoet, krijgt hij een level, waarmee hij wapenkracht, maximale magie of maximale gezondheidsupgrades kan kopen voor zijn ervaringspunten. De speler kan ook besluiten niets te kopen en zijn ervaringspunten op te slaan voor later gebruik.
Er zijn enkele items te vinden die nodig zijn om bepaalde punten in het spel te passeren. The Adventure of Link heeft een batterijback-up zodat games kunnen worden opgeslagen zonder een wachtwoordsysteem nodig te hebben.



