Het spel begint met een klassiek verhaal over een jongen en zijn kikker die wegrent, radioactief wordt en in een gat springt. Belangrijker nog, het is een verhaal over een jongen genaamd Jason die een volledig functionerende battletank, SOFIA the 3rd, vindt en op avontuur gaat in de ondergrond. Zijn missie is het vinden van nieuwe wapens en extra onderdelen voor de battletank, waardoor hij meer gebieden kan verkennen totdat hij uiteindelijk die vrijheidslievende mutantenkikker vindt. En terwijl hij daar beneden is, kan hij net zo goed de Kwaadaardige Plutoniumbaas verslaan die de aarde wil bedreigen.
Blaster Master is een actiespel dat platform- en bovenaanzichtsegmenten combineert. De meeste platformlevels worden doorgebracht in de tank, die zijn hoofdkanon kan afvuren en secundaire wapens met beperkte munitie: homing raketten, bliksembal en warhead-raket. De tank kan niet elk gebied in de platformlevels bereiken; om verder te komen, moet Jason vaak naar buiten stappen en te voet verkennen.
Op dat moment schakelt het beeld over naar top-down. Jason kan zijn pistool gebruiken en granaten gooien om gewone vijanden en bazen die hij onderweg tegenkomt uit te schakelen. Het wapen kan worden geüpgraded door power-ups te verzamelen. Het doel van de top-down levels is meestal het verkrijgen van speciale vaardigheden voor de tank, zoals zwemmen, rijden op muren en zweven in de lucht, die op specifieke locaties in de platformlevels gebruikt moeten worden.
Het spel gebruikt een “doorgaan”-systeem en eindigt wanneer Jason al zijn levens heeft verloren. Er is geen wachtwoordfunctie en geen mogelijkheid om voortgang op te slaan.



