Joanna Dark is een agent voor het Carrington Institute, een geheime organisatie die wordt gefinancierd door anonieme bronnen en zich toelegt op de bescherming van de wereld. Via hun hoogopgeleide agenten en speciale apparaten (gadgets) houdt Carrington terroristen, wereldmachten en vreemde gebeurtenissen in de gaten. De snelheid waarmee de dataDyne-onderneming zich heeft gevestigd door de ontwikkeling van nieuwe technologieën begint het instituut zorgen te baren. Dus wanneer Carrington een bericht ontvangt van Dr. Caroll, een wetenschapper die aan dataDyne wil ontsnappen, sturen ze hun beste agent, Joanna, om het hoofdkantoor van het bedrijf te infiltreren.
Perfect Dark is een 3D first-person shooter vergelijkbaar met Rare’s eerdere GoldenEye 007, maar met meer nadruk op stealth. Joanna kan verschillende vuurwapens oppakken en gebruiken, waaronder jachtgeweren, machinepistolen, sluipschuttersgeweren, diverse explosieven en andere. Daarnaast draagt ze behoorlijk wat spionagegadgets bij zich zoals IR-scanners, nachtzicht, sondes en een dodelijke laptop. De meeste wapens hebben secundaire vuurmodi en het herladen wordt weergegeven in een animatie op het scherm.
Schilden zijn verspreid over de levels en kunnen worden opgepakt voor extra bescherming. Er zijn geen gezondheidsherstellende items en Joanna kan niet springen. Net als GoldenEye 007 heeft het spel drie moeilijkheidsgraden, waarbij de hogere nauwkeurigere vijanden, minder munitie en meer doelen voor de speler in elke missie hebben. Cutscenes met stemacteurs brengen het verhaal tussen de missies door.
Het spel bevat ook een trainingsmodus die zich afspeelt in het Carrington Institute. Het voltooien van de schietbaanuitdaging daar ontgrendelt de klassieke wapens uit GoldenEye 007. Daarnaast kan de campagne worden gespeeld in een coöperatieve modus voor twee menselijke spelers of één menselijke speler met maximaal drie computergestuurde teamgenoten (in split-screen modus), evenals in een “Counter Operative”-modus, waarin een van de spelers de controle neemt over een vijand en probeert Joanna te stoppen haar missie te voltooien.
Multiplayer bevat verschillende modi. Daartoe behoren de traditionele deathmatch en de doelgerichte Capture the Flag- en King of the Hill-modi. Andere scenario’s en doelstellingen zijn onder meer zo lang mogelijk overleven met een aktetas, het hacken van computersystemen met willekeurig geplaatste data-uplinks, en het opsporen van een enkele speler als team. Levels, teams en wapenplaatsing kunnen door spelers worden aangepast.



