De mensen van Oedo Town zijn in paniek! Een gigantische UFO in de vorm van een perzik is gearriveerd, en de Peach Mountain Shoguns hebben Oedo Castle omgetoverd tot één groot podium waar ze zelf op kunnen optreden! Iedereen rekent erop dat Goemon de dag redt, maar hij heeft niet eens door wat er gebeurt! Kan onze held de Shoguns stoppen voordat ze nog meer schade aanrichten?
Mystical Ninja Starring Goemon is een actiespel met lichte RPG-elementen, vergelijkbaar in stijl met The Legend of Zelda: The Ocarina of Time. Het is ook het eerste gelokaliseerde Goemon-spel sinds The Legend of the Mystical Ninja voor de SNES. Spelers besturen Goemon en zijn vrienden terwijl ze door het oude Japan trekken om de Peach Mountain Shoguns te stoppen. Je kunt met personages praten, vijanden met je pijp slaan (of munten naar ze gooien), een gestoorde waarzegster bezoeken die op willekeurige momenten “PLASMA!” roept zonder reden, en meer.
Elk lid van het Goemon-team kan ook een speciale vaardigheid leren om nieuwe gebieden te bereiken naarmate spelers vorderen in het spel. Goemon verdient de kracht “Sudden Impact”, waarmee hij blokken kan verplaatsen die hij normaal niet kon, Ebisumaru kan krimpen tot kleine grootte zodat hij door kleine scheurtjes kan gaan, Sasuke krijgt een extra hoge sprong, en Yae krijgt de gave om in een Zeemeermin te veranderen zodat ze onder water kan zwemmen.
Zoals gewoonlijk maakt de gigantische rolschaatsrobot Impact zijn opwachting. Spelers kunnen hem gebruiken om gebouwen neer te trappen en het in first-person modus op te nemen tegen gigantische mecha-baasfiguren in een Punch-Out!-stijl spel.



























