Kirby 64: The Crystal Shards is een polygonale side-scroller vergelijkbaar met Klonoa, hoewel het spel, in tegenstelling tot Klonoa, slechts één vast pad volgt in plaats van meerdere vertakkende paden. In dit spel kan Kirby nog steeds de vaardigheden van zijn vijanden kopiëren, maar daarnaast kan hij deze vaardigheden combineren met andere om unieke combinaties te maken (bijvoorbeeld, het combineren van elektriciteit en ijs verandert Kirby in een koelkast die voedsel uitspuugt).
Het verhaal begint met Dark Matter die een ver land aanvalt voor hun speciale kristal. Een jonge fee genaamd Ribbon neemt het kristal en ontsnapt om het te redden, maar Donkere Materie verbrijzelt het en verspreidt de scherven over de verschillende werelden. Ribbon belandt in Dream Land met slechts één van de scherven en ontmoet Kirby, die zich aanbiedt om haar te helpen alle ontbrekende stukken te vinden.
Kirby zal zijn vrienden ontmoeten, die door Dark Matter worden gecontroleerd, en zal tegen hen moeten vechten om hen te redden. Van daaruit reizen ze samen naar andere werelden, waaronder Rock Star, Water Star en Ripple Star, Ribbons thuiswereld, waar Donkere Materie op de loer ligt. Om het spel goed uit te spelen, moeten spelers alle verborgen kristalscherven vinden die in de verschillende levels zijn verstopt. Pas dan zullen Kirby en zijn vrienden Ripple Star echt redden.



























