Na twee jaar onder de rots wordt Gruntilda eindelijk door haar twee zussen bevrijd van haar sterfbed. Als niets meer dan een skelet plannen Grunty en haar zussen een manier om haar uiterlijk te genezen door het leven uit het land te zuigen om haar lichaam weer zoals het oude is. Toen ze dit nieuws horen, gaan onze twee kampioenen Banjo en Kazooie, met hulp van Mumbo, op pad om het kwaadaardige plan te stoppen en wraak te nemen voor het overlijden van Bottles de mol.
In dit vervolg op Banjo-Kazooie kun je als de twee hoofdpersonages (en ook Mumbo) spelen zoals voorheen, hoewel ze nu uit elkaar kunnen gaan, waardoor ze nog moeilijkere delen van het land kunnen bereiken. Je moet jiggies verzamelen om nieuwe gebieden te openen (zoals in het originele spel) en daarnaast 40 nieuwe bewegingen leren om je te helpen goed te gaan.
Evenzo kun je bij een andere Rareware-titel, Donkey Kong 64, vier-speler minigames spelen die variëren van first-person shooters tot botsauto’s, strijden om punten, enzovoort.





























