Banjo-Kazooie‘‘s sprookje terug verhaal doet denken aan Sneeuwwitje’. Een knoestige, lelijke heks genaamd Gruntilda vraagt haar magische ketel wie de mooiste van allemaal is. Het antwoord van de pot bevalt de heks natuurlijk niet: hij kiest Banjo’s zus, Tooty, uit. Wanneer Tooty vermist blijkt te zijn, gaan Banjo en zijn birdie-maatje Kazooie op zoek naar haar.
De werelden in Banjo-Kazooie zijn enorm en bevatten een verscheidenheid aan items om te verzamelen. Muzikale aantekeningen, puzzelstukken ( “Jiggies”), Mumbo Tokens en Jinjoes zijn slechts enkele van de swag die Banjo in zijn rugzak moet stoppen om zijn avontuur te voltooien. Hoewel sommige van de benodigde items eenvoudigweg buiten de gebaande paden zijn opgeborgen, vereisen andere vaardigheden voor het oplossen van puzzels.



