De beroemde Mario Brothers keren terug in dit vervolg op de humoristische Superstar Saga. In dit avontuur maakt Princess Peach een reisje in een tijdmachine, maar wanneer deze terugkeert, zit er alleen een monster in! De heldhaftige broers reizen terug in de tijd om erachter te komen dat kwaadaardige buitenaardse levensvormen, bekend als de Shroobs, het Mushroom Kingdom hebben overgenomen en niemand is veilig! Ze ontmoeten al snel hun jongere zelf en gaan op pad om de buitenaardse dreiging te stoppen, om nog maar te zwijgen van het redden van de prinses!
Hoewel de game turn-based gevechten heeft, volgt het de traditie van de vorige Mario RPG-games, in die zin dat er tijdens het gevecht op knoppen kan worden gedrukt om je aanval, verdediging en tegenaanval te verhogen, om de indruk te wekken van een interactiever gevecht.
Vechten kan ook behoorlijk hectisch worden, omdat spelers nu elk van de vier broers moeten besturen met de vier verschillende gezichtsknoppen. Dit kan voor een aantal zeer lastige situaties zorgen bij het gebruik van speciale power-ups die de beurten van de broers willekeurig maken.



