Froggers thuis, Firefly Swamp, verkeert in groot gevaar. De duistere Mr. D heeft de vier elementen gestolen: water, vuur, wind en lucht. Zonder deze zal Firefly Swamp sterven.
Frogger moet door 15 niveaus binnen 5 werelden reizen om de elementen terug te halen. Zodra hij de elementen heeft, kan Frogger de Tempel van de Kikker binnengaan en Mr. D een einde maken aan het einde van de Tempel.



