Duizend jaar geleden vond de Oorlog der Magiërs plaats. Mensen herinneren het als een van de meest verschrikkelijke tragedies uit de geschiedenis. Sinds de Oorlog der Magiërs is magie vrijwel vergeten, begon technologie te groeien en keerden mensen terug naar schijnbaar normale levens. De enige echte zorg die mensen hebben is het Keizerrijk, waarvan de leiders proberen de grote kracht die ooit bekend stond als “magie” nieuw leven in te blazen.
Het Keizerrijk had gehoord van de resten van een mystiek wezen, bekend als “Esper”, dat werd gevonden in het mijnstadje Narshe. Snel werden drie soldaten uitgezonden om deze Esper te vinden en naar de keizer te brengen. Een van de soldaten, een jong meisje, activeert een kracht in de Esper die een gevaarlijke reeks gebeurtenissen in gang zet. De enigen die haar kunnen helpen zijn een bonte groep rebellen en helden, die hun hart en ziel aanbieden om de wereld te redden van de krankzinnige plannen van het Keizerrijk.
Het zesde deel in de Final Fantasy-serie werd in het Westen Final Fantasy III genoemd omdat drie van de vijf eerdere delen van de serie daar destijds nog niet waren uitgebracht. Net als zijn voorgangers is dit een rollenspel waarbij de speler een groep personages bestuurt, reist tussen verschillende locaties in de wereld, vecht tegen willekeurig verschijnende gewone vijanden en bazen, en de personages sterker maakt door hun vaardigheden te verbeteren en betere uitrusting te verkrijgen. Het spel behoudt het ATB-systeem (active time battle) van de twee vorige delen in de serie, waarbij de traditionele turn-based gevechtsengine een real-time element toevoegt.
In gevechten kan elk personage vechten met wapens en voorwerpen, en elk heeft ook een speciale gevechtsvaardigheid. Het is ook mogelijk dat bijna elk personage magische spreuken leert. Door verschillende Espers te vinden en ze op personages uit te rusten, kan de speler hun parameters op verschillende manieren verbeteren en de magische spreuken kiezen die de personages moeten leren.
In tegenstelling tot de meeste andere Japanse RPG’s heeft het spel geen enkel hoofdpersonage. In plaats daarvan kan de door de speler bestuurde partij worden beschouwd als de collectieve protagonist van het spel. Het eerste deel van het spel ontwikkelt zich lineair, waarbij een van de personages een centrale rol speelt; echter, tijdens het tweede deel wordt de speler aanvankelijk geassocieerd met een ander personage, waarbij hij de spelwereld verkent, personages rekruteert en submissies op een niet-lineaire manier voltooit.
De PlayStation-heruitgave van het spel bevat nieuwe FMV-cutscenes, bestiarium en kunstgalerijen. De Game Boy Advance-versie en latere Android-, iOS- en PC-releases verwijderen FMV’s, maar voegen in plaats daarvan twee nieuwe bonuskerkers toe (de Dragons’ Den en de Soul Shrine), nieuwe bazen, espers, wapens en uitrusting, evenals vele andere kleine toevoegingen en veranderingen.



